農藥品種繁多，農藥廢水水質復雜．其主要特點是（1）污染物濃度較高，化學需氧量（COD）可達每升數萬mg;（2）毒性大，廢水中除含有農藥和中間體外，還含有酚、砷、汞等有毒物質以及許多生物難以降解的物質；（3）有惡臭，對人的呼吸道和粘膜有刺激性；（4）水質、水量不穩定。因此，農藥廢水對環境的污染非常嚴重。農藥廢水處理的目的是降低農藥生產廢水中污染物濃度，提高回收利用率，力求達到無害化。農藥廢水的處理方法有活性炭吸附法、濕式氧化法、溶劑萃取法、蒸餾法和活性污泥法等。但是，研制、低毒、低殘留的新農藥，這是農藥發展方向。一些國家已禁止生產六六六等有機氯、有機汞農藥，積研究和使用微生物農藥，這是一條從根本上防止農藥廢水污染環境的新途徑。